Дафна и ее друзья отправляются в Японию на соревнования по боевым искусствам. Но вскоре на острове, где проходит турнир, появляется армия ниндзя, возглавляемая призраком Чёрного самурая. Команда Скуби-Ду должна препятствовать злодею в его попытках украсть свиток судьбы.