События разворачиваются спустя многие годы после событий, описанных в предыдущем фильме. Журналист Стэнли Маус отправляется в Африку в поисках загадочного древнего племени котов, о котором ходят легенды. Он обнаруживает его существование и понимает, что мир мышей находится под угрозой. Чтобы спасти его, специальному агенту Нику Грабовскому придется снова принять бой и предотвратить глобальную катастрофу.