В 21 веке жестокий вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся вынудил изолироваться в одном-единственном городе, защищённом специальным куполом. Только там действует загадочный агент Эон Флакс, мотивы которого непонятны, а основной целью является влиятельный политик.