Поражение Хана и создание планеты Генезис стали новой победой для капитана Джеймса Т. Керка; но эти победы уже не имеют значения для него. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая «Энтерпрайз», и эта потеря невосполнима. В то же время Керк близок к потере еще одного своего близкого друга, Мак-Коя, который потерял рассудок. Внезапное появление Зарека, отца Спока, проясняет ситуацию и дает Керку надежду - Спок жив, и его разум временно привязан к телу Мак-Коя. Чтобы помочь своим друзьям, Керк угоняет свой, уже приговоренный на посадку, корабль и нарушает установленный Федерацией карантин на планете Генезис, где работает научная экспедиция под руководством его сына, Дэвида. Однако, Клингоны узнают о существовании Генезиса и их боевой корабль, с командиром Крюге на борту, спешно направляется к планете Генезис. Встреча становится неизбежной...