В 9784 году по летоисчислению Содружества, ницшеанцы восстали против Содружества Систем с целью свергнуть его контроль и установить свой порядок. Война началась, и ее исход должен был изменить весь мир. Чтобы предотвратить победу врага, капитан Дилан Хант направил крейсер Звездной Гвардии Содружества "Созвездие Андромеды" на перехват их флота. Однако самый мощный корабль, когда-либо созданный людьми, попал в западню ницшеанского флота. Сознавая отсутствие возможности спастись, капитан приказал экипажу эвакуироваться с корабля. Сама "Андромеда" вместе с капитаном Хантом оказалась пленницей временной аномалии на границе черной дыры в системе Гефеста. Содружество Систем было покорено, но Ницшеанская Империя так и не была создана. Вселенная погрузилась во тьму и хаос "Долгой Ночи". Прошло 303 года, когда-то могущественный корабль Содружества "Эврика Мару" под командованием Беки Валентайн удалось извлечь из орбиты черной дыры. Для всех жителей вселенной прошло 303 года, в то время как для Дилана Ханта прошло всего одно мгновение. Вместе с членами экипажа "Эврики Мару", капитан Хант берется за миссию восстановления Содружества Систем, полностью понимая, что этот путь к его цели будет долгим и сложным.