Действие сериала происходит в период с 2369 по 2375 годы на космической станции «Дальний Космос 9», которая находится на орбите планеты Бэйджор, только что освободившейся от оккупации Кардассианской Империи. В непосредственной близости от станции обнаруживается пространственная аномалия - коридор, связывающий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие превращает «Глубокий Космос 9» в центр торговли, что было неожиданно. В результате, войска нового врага, Доминиона, проходят через аномалию и вступают на орбиту Бэйджора. Станция «Глубокий Космос 9» под командованием Бенджамина Сиско оказывается на передовой военных действий и становится главной опорной точкой войск Федерации и ее союзников.