В другом измерении девушки Фубуки, Юдати и Муцуки являются духами военных судов и подводных лодок времен Второй мировой войны. Однажды, неизвестные враги, называющие себя Флотом глубокого моря, проникают на землю из морских глубин. Большая часть водных территорий уже принадлежит им, но они заявляют о своем намерении захватить и сушу. На морскую базу, где девочки-корабли активно тренируются противостоять неприглашенному врагу, приходит Фубуки - эсминец. С этого момента начинаются ее приключения и борьба плечом к плечу с друзьями против врага.