В отдаленном будущем на человечество наступает враждебная инопланетная раса Мазонов, которая начинает искоренять людей. При этом земное правительство не проявляет достаточных усилий для борьбы за собственную независимость и ограничивается текущим положением. Так капитан Харлок решает самостоятельно сражаться против инопланетных агрессоров вместе со своим экипажем и кораблем "Аркадия", особо выделяя против мазонов – тех, кто исследовал Землю в далеком прошлом и считает ее своей планетой.