Прошло пять лет с того момента, как Бен Теннисон нашел инопланетные часы Омнитрикс и стал супер-героем. Теперь Бену пятнадцать лет и он обычный подросток, который уже давно не использует Омнитрикс. Его приключения и превращения в супер-героев остались в прошлом. После победы над злым Вилгаксом Бен снял свои супер-часы и больше не прибегал к их помощи. Бену меньше всего хочется снова оказаться в опасной ситуации, но внезапно он узнает, что его дедушка Макс исчез. Он спешит рассказать об этом своей кузине Гвен. Бен решает снова надеть Омнитрикс и выяснить, куда пропал дедушка Макс. Бен и Гвен начинают расследование и обнаруживают, что инопланетяне снова строят коварные планы. Новая раса инопланетян желает уничтожить жизнь не только на Земле, но и во всей Галактике.