Прошли несколько недель после событий финала мультсериала "Бен 10: Инопланетная сила", где Вилгакс был побежден. Бену Теннисону исполнилось 16 лет. Омнитрикс разрушен, и теперь ему необходимо освоить секреты Ультиматрикса - новой версии Омнитрикса, которая предоставляет доступ ко всем прежним формам и способностям, а также позволяет ему развивать более сильные и мощные варианты, так называемые Совершенные Формы (Ультимейт).