История начинается с загадочного исчезновения частного детектива Гарри Гудмана, расследование которого поручено его 21-летнему сыну Тиму. В помощь ему в расследовании приходит бывший партнер отца, разговорчивый детектив Пикачу, который даже для самого себя остается загадкой. Обнаружив, что они каким-то необъяснимым образом способны общаться друг с другом, Тим и Пикачу отправляются собирать улики по ярким улицам Райм Сити - современного мегаполиса, где люди и покемоны живут вместе. В ходе своих приключений они встречают самых различных покемонов и раскрывают ужасный заговор, который может разрушить это мирное сосуществование и стать угрозой для всего покемон-мира.