Сюжет разворачивается в 1942 году, спустя несколько месяцев после того, как союзникам удалось расшифровать код шифровальной машины "Энигма". На оккупированных территориях начинает набирать силу антинацистское движение. Команда известной подводной лодки под руководством нового капитана Клауса Хоффмана сталкивается с более сложными испытаниями и военными столкновениями. "Подводная лодка" рассказывает историю о трудном выборе, выживании и границах человеческих чувств, а также о жесткой реальности жизни в беспощадной войне.