Они вновь вступают в схватку с преступниками из Футов клана и их лидером Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от опасных мутантов Токка и Разара.