При поддержке оставшихся участников Клана Фут и профессора Стокмана, Шреддер готовит план побега, который планирует осуществить во время перевозки в другую тюрьму. Эйприл удается достать информацию о побеге из файлов профессора, но черепашки-ниндзя не успевают остановить мутировавшего Шреддера, который ускользает от них в последний момент, используя портал, созданный Стокманом. Теперь черепашкам придется забыть о мелких делах супергероев и снова показать, на что они способны.