Город нуждается в героях. Нью-Йорк окуталась тьмой Шреддера и его зловещего Клана Футов, которые контролируют все - от полиции до политиков. Будущее выглядит неутешительно, пока из канализации не появляются Черепашки-ниндзя - отвергнутая четверка братьев. Вместе с бесстрашной репортершей Эйприл и ее саркастическим оператором Верном Фенвиком, Черепашки должны спасти город и раскрыть дьявольский план Шреддера.