Руководство морского флота озабочено ситуацией, когда корабли в северной Атлантике атакуются загадочным существом и тонут. Они привлекают известного биолога-профессора Аронакса, чтобы помочь раскрыть эту тайну, и он присоединяется к экспедиции. Однако оказывается, что это вовсе не чудовище, а неуловимая подводная лодка под командованием капитана Немо. Профессор, его дочь и один из моряков оказываются на борту Наутилуса после неудачной попытки уничтожить его. Они поражены роскошным интерьером субмарины и жестокостью ее капитана. Невольные пленники впервые видят удивительный подводный мир, затонувшую Атлантиду и гигантских существ, от которых даже Наутилусу с трудом удается спастись.